PhD candidate, ncRNAs in bacteria

Multiple classes of RNA are now known for their roles in regulating various cellular processes. Among others, bacteria possess small RNAs that regulate a wealth of genes and riboswitches that directly bind metabolites to regulate metabolic pathways, bacterial motility, biofilm formation, and virulence.

Some bacteria, such as Burkholderia and Pseudomonas, can have a positive impact on the environment but can also be particularly formidable opportunistic pathogens. These bacterial genera have many types of RNA whose function is still unknown, but which appear to have a significant impact on the behavior of these bacteria.

We use different approaches to study RNAs involved in microbial regulation. We leverage the wealth of sequence databases by using bioinformatics tools to discover new RNAs and determine the extent of their influence. We also take advantage of tools from molecular biology, biochemistry, and genetics to discover new RNAs and study RNAs whose function remains unknown.

The recruited individual's doctoral project will explore the function of novel classes of bacterial non-coding RNAs. Preliminary results for some of these RNAs indicate that they are involved in the regulation of downstream genes (such as riboswitches), while others are small RNAs with expression levels exceeding those of the most highly expressed RNAs known to date.

Applicants must have a master's degree. Priority will be given to individuals exempt from higher tuition fees (residents/citizens of Canada, Belgium, and France).

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De multiples classes d’ARN sont maintenant connues pour leurs rôles dans la régulation de divers processus cellulaires. Entre autres, les bactéries possèdent de petits ARN qui régulent une profusion de gènes et des « riboswitch » qui lient directement des métabolites pour réguler des voies métaboliques, la mobilité bactérienne, la formation de biofilm ou la virulence.

Certaines bactéries comme les Burkholderia ou Pseudomonas peuvent avoir un impact positif sur l’environnement, mais peuvent également être des pathogènes opportunistes particulièrement redoutables. Ces genres bactériens ont de nombreux types d’ARN dont la fonction est encore inconnue, mais qui paraissent avoir un impact important sur le comportement de ces bactéries.

Nous utilisons différentes approches pour étudier les ARN impliqués dans la régulation microbienne. Nous profitons de la richesse des banques de données de séquences en utilisant des outils bioinformatiques pour découvrir de nouveaux ARN et déterminer l’étendue de leur influence. Nous tirons aussi profit des outils de la biologie moléculaire, de la biochimie et de la génétique pour découvrir de nouveaux ARN et étudier les ARN dont la fonction demeure inconnue.

Le projet de doctorat de la personne recrutée explorera la fonction de nouvelles classes ARN non-codants bactériens. Les résultats préliminaires pour certains de ces ARN indiquent qu’ils sont impliqués dans la régulation des gènes en aval (tels des riboswitchs), alors que d’autres sont de petits ARN avec des niveaux d’expression qui dépassent les ARN les plus exprimés connus à ce jour.

Les applicants doivent avoir une maitrise (Master). La priorité sera donnée aux individus exempts de frais majorés (résident/citoyens du Canadiens, Belges, Français).